Закон об эмбарго имел несколько негативных последствий. Это привело к резкому падению цен на американские сельскохозяйственные товары, что привело к широкомасштабным экономическим трудностям на аграрном Юге и Западе. Это также нарушило торговлю с коренными американцами, которые полагались на американские товары как на источник средств к существованию. Этот акт также разозлил многих торговцев-федералистов и судовладельцев, которые расценили это как посягательство на их средства к существованию.
Закон об эмбарго в конечном итоге был отменен в 1809 году, но ущерб уже был нанесен. Этот закон нанес серьезный ущерб американской экономике и еще больше оттолкнул федералистов от федерального правительства, в котором доминируют республиканцы. Этот акт также способствовал росту напряженности между Соединенными Штатами и Великобританией, что в конечном итоге привело к войне 1812 года.