Солдаты кавалерии Союза окружили сарай и подожгли его. Бут отказался сдаться и был застрелен кавалеристом Союза Бостоном Корбеттом. Корбетт выстрелил через трещину в стене сарая, попав Буту в шею. Бут умер мгновенно.
Тело Бута было доставлено в Вашингтон, округ Колумбия, где оно было тайно похоронено в тюрьме Старого Капитолия. В 1867 году его останки были перенесены на кладбище в Балтиморе, штат Мэриленд.
На протяжении всего своего побега и преследования Бут получал помощь от сторонников Конфедерации. Однако в конечном итоге он был предан одним из своих бывших сообщников, который предоставил властям Союза информацию, которая привела к его смерти.
