Гипатия родился в Александрии (Египет) в 370 году. Она была дочерью Теона, известного философа и математика того времени, работавшего в музее, основанном Птолемеем. Это был не самый обычный, но Теон он хотел, чтобы его дочь пошла по его стопам. Его обучение развивалось, главным образом, в самом Александрийском музее, и он стал авторитетом в области (платонической) философии и математики. В 400 году ее знания были таковы, что она была назначена директором Музея, которому в то время принадлежала Библиотека, места, хранившего больше всего человеческих знаний за всю нашу историю.
Во времена Гипатии , Александрия переживала крайне конфликтный момент, христиане окрепли и начали загонять язычников в угол. Бедная Гипатия (который был языческим) был вовлечен в борьбу экономических и религиозных интересов между императором и Александрийским Патриархом. Ее обвинили в том, что она была зачинщицей этих конфликтов.
Однажды посреди улицы группа фанатиков (христиан) избила ее и потащила по улице к Александрийскому собору. Там, раздев ее, избивали черепицей до тех пор, пока ее не расчленили (в других источниках говорится, что с нее содрали кожу ракушки), а ее останки с триумфом пронесли по городу, а затем сожгли.