Одна из величайших забот Филиппа Красивого, великое дело его правление — это конфликт со Святым Престолом, столкновение с Бонифацием VIII. Первый инцидент произошел в 1296 году. В январе Филипп, которому всегда не хватало денег, добился от Собрания духовенства подъема десятой доли. Протест духовенства, считающего себя обиженным.
24 февраля Папа провозглашает свою знаменитую буллу Clericis laicos, которая запрещает любое взимание денег с духовенства без разрешения Папы и подтверждает, что светская власть требует пожертвований от духовенства только для того, чтобы свести ее «к своей власти и своему господству». Еще до публикации этой буллы 18 августа Филипп ле Бель 17 числа того же месяца подписал указ, запрещающий любой вывоз золота и серебра из королевства.
Мера, призванная облегчить финансовая политика девальвации, проводимая королем, но которая значительно поставила бы в неловкое положение папство. Разъяренный Бонифаций VIII призвал к тирании и в сентябре провозгласил буллу Ineffabilis Amor.
Однако конфликт временно утих. Булла Romano Mater Ecclesia в феврале 1297 года отменяет буллу Clericis laicos. 31 июля новый текст Etsi de status уполномочивает духовенство дать согласие на отмену новой десятой. Еще одним доказательством благосклонности Папы стало завершение процесса канонизации Людовика IX, Святого Людовика. Однако в конце 1299 года, когда Бонифаций предложил Филиппу выступить арбитром в новом франко-английском конфликте, порожденном союзом Капециана с Альбертом Австрийским, король великолепно ответил, «что управление королевством принадлежит ему и только ему». ", и что он не знает "никакого начальника".
Гораздо более серьезный конфликт разразился в 1301 году, когда в июле Филипп арестовал епископа Памье Бернара Сэссе*, друга Бонифация VIII, которого некоторые обвинили в оскорблении короля. Наконец обвиненный в «ереси, измене, подстрекательстве к мятежу и других злодеяниях», Сэссе предстал в Санлисе перед королем и его советниками. Мемориал, подготовленный Пьером Флоттом*, предупредил Папу. Последний буллой Ausculta fili в декабре месяце подтверждает превосходство Святого Престола над всеми другими властями, созывает собор в Риме и критикует внутреннее управление Филиппа.
В ярости короля и его совета граф Артуа сжигает буллу и письма папы. Филипп запрещает любые отношения, любую переписку со Святым Престолом и созывает на Вербное воскресенье штаты королевства, общие будущие штаты. Пьер Флот по-своему пишет краткое изложение буллы, подчиняющей короля папе. Штаты, бароны, прелаты и представители городов, собравшись в Нотр-Даме 10 апреля 1302 г., подтверждают светское превосходство короля и запрещают епископам ходить на совет. Несмотря на запрет, многие прелаты отправляются в Рим в ноябре.
Бонифаций буллой Unam Sanctam утверждает существование «двух мечей, духовного и мирского», и превосходство первого , также утверждает, что «каждому человеческому существу абсолютно необходимо подчиняться римскому понтифику, чтобы достичь спасения». Как и другим христианам, которые не позволяют прелатам откликнуться на призыв Папы, Филиппу ле Белю грозит отлучение от церкви. В марте 1303 года король созвал новое собрание в Лувре, перед которым Ногаре потребовал смещения папы и созыва генерального совета. Конфликт обостряется, папа, кажется, все более и более полон решимости отлучить Филиппа от церкви, а тот - свергнуть его. Ногаре заручается поддержкой Колонны, врагов Орсини, родственников Бонифация VIII. 7 сентября с их помощью он предпринял попытку похитить укрывшегося в Ананьи папу. Понтифик умрет через месяц.
Его преемник Бенедикт XI, человек мягкий и благоразумный, оправдывает Филиппа ле Беля и его баронов за преступление, совершенное против его предшественника, но не Ногаре, которого он вызывает в мае 1304 года предстать перед ним. С июля, очень кстати, до такой степени, что некоторые обвиняют Филиппа в том, что он его отравил, Бенедикт XI испускает дух. Вакансия папского престола продолжается уже больше года. Только 14 ноября 1305 года кардиналы избирают Бертрана де Гота, архиепископа Бордо, который становится папой под именем Климента V. Последний вскоре назначает девять французских кардиналов, к великой ярости итальянцев, оказавшихся теперь в меньшинстве. Затем в 1309 году он поселился в Авиньоне; то, что итальянцы называют «вавилонским пленом», продлится до 1378 года. В 1311 году понтифик нарушает все решения, принятые Бонифацием VIII против Филиппа ле Беля. Теории короля, королевский абсолютизм, определенно преобладают над идеалом папского превосходства Бонифация.
