В некоторых случаях пуритане и коренные американцы могли жить в мире и даже сотрудничать друг с другом. Например, племя вампаноагов помогло паломникам пережить первую зиму в Америке, а пуритане и племя пекотов подписали в 1638 году мирный договор, продлившийся несколько десятилетий. Однако эти периоды мира часто были недолгими, и конфликт между пуританами и коренными американцами представлял постоянную угрозу.
Одним из наиболее значительных конфликтов между пуританами и коренными американцами стала Война пекотов, которая произошла в 1637 году. Война началась, когда племя пекотов напало на группу английских поселенцев в Коннектикуте. Пуритане ответили военной кампанией, которая привела к почти полному уничтожению племени пекуотов. Эта война создала модель насилия и конфликтов, которая будет продолжаться еще многие годы.
В 17 веке пуритане основали ряд миссий среди коренных американцев, стремясь обратить их в христианство. Эти миссии часто оказывались безуспешными, а иногда приводили к конфликтам и насилию. В 18 веке пуритане начали проявлять более примирительный подход к коренным американцам и начали признавать их права на землю и самоуправление. Однако это изменение в политике далось нелегко, и ему часто сопротивлялись многие пуритане, которые все еще придерживались глубоко укоренившихся предубеждений против коренных американцев.
Отношения между пуританами и коренными американцами были сложными и развивающимися. Это были отношения, отмеченные конфликтами и насилием, но они также характеризовались сотрудничеством и взаимным уважением. Пуритане и коренные американцы многому научились друг у друга, и они оба оставили неизгладимое наследие в истории Америки.