СМИ обвинили Пателя в том, что его министерство внутренних дел не смогло защитить Ганди. Опечаленный этим, Патель ушел из правительства. На это Неру отклонил отставку Пателя, заявив, что Неру и Патель работали вместе в Конгрессе в течение тридцати лет ради общего дела, и им обоим было бы нехорошо сражаться после смерти Ганди. Отставку Пателя удалось предотвратить, но даже после этого между Неру и Пателем сохранялись разногласия по политическим вопросам. Резкие разногласия между Пателем и Неру по трем направлениям политики, принятым Неру - вынесению вопроса о Кашмире в Организацию Объединенных Наций в 1948 году, отказу от помощи Тибету против Китая в 1950 году и отказу от военных действий по изгнанию португальцев из Гоа, - Патель оставался до тех пор, пока не смерть. Когда Неру попытался отстранить Пателя и чиновников Министерства внутренних дел в вопросе Кашмира, Патель отреагировал резко.
В 1950 году Неру оказал давление на доктора Раджендру Прасада, чтобы тот снял свою кандидатуру на пост президента в пользу Раджагопалачари. Этот поступок Неру глубоко возмутил лидеров Конгресса. Конгрессмены считали, что Неру пытается навязать Конгрессу свою волю. Неру попросил Пателя помочь Неру сделать Раджагопалачари президентом. При этом Патель отказался работать вопреки желанию партии, и доктор Раджендра Прасад стал первым президентом Индии. В 1950 году Неру баллотировался на пост президента Конгресса Пурушоттама дас Тандона. Тандон имел имидж индуистского лидера, поэтому Неру выступил против него и призвал назначить Дживрама Криплани президентом Конгресса, заявив, что, если этого не произойдет, Неру уйдет в отставку. Патель выступил против подхода Неру и заявил о своей поддержке Тандона в Гуджарате. Крипалани был жителем Гуджарата, но он не получил ни одного голоса от Гуджарата. Патель считал, что желание Неру не является законом для Конгресса, но когда Тандон победил, Неру понял, что потерял всякое доверие Конгресса. После этого Неру подал в отставку со своего поста. Тогда Патель отказался подать в отставку Неру.
