В 1949 году более 8 тысяч беженцев прибыли в Западную Бенгалию, Ассам и Трипуру из Восточного Пакистана. Эти беженцы были вынуждены перебраться на территорию Индии властями Пакистана. Это были индуистские граждане, убитые в результате насилия и преследований. Неру предложил премьер-министру Пакистана Лиакату Али Хану найти мирное решение этой проблемы. Недовольный поведением Неру, Патель встретился с Лиакат Али Ханом и суровым тоном отправил ему сообщение о том, что ему следует воздерживаться от подобных выходок.
По этому поводу Неру предложил Лиакату Али Хану, чтобы Индия и Пакистан создали комиссии меньшинств. Патель резко раскритиковал это предложение Неру. Шьяма Прасад Мукерджи и К.С. Неги, недовольные политикой умиротворения Неру, ушли из кабинета министров.
