Точная причина оставления неолитического поселения Скара‑Брей до сих пор неизвестна, но учёные выдвинули несколько вероятных гипотез.
Повышение уровня моря
Наиболее признанной считается теория о постепенном подъёме уровня моря. Села находилось на побережье, и археологические данные свидетельствуют о том, что в неолитический период уровень воды медленно повышался. По мере роста моря поселение становилось всё менее пригодным для жизни и обороны, что вынудило его обитателей уйти.
Исчерпание ресурсов
Другой вариант — истощение местных ресурсов. Скара‑Брей располагалось в относительно изолированном районе с ограниченными запасами древесины и камня. Со временем их доступность могла снизиться, делая поддержание образа жизни невозможным.
Изменения климата
В неолитический период климат был тёплым и сухим, но к моменту покидания поселения наблюдались холодные и влажные изменения. Такие климатические сдвиги могли осложнить сельское хозяйство и выживание, заставив жителей искать более благоприятные условия.