Серра родился в Петре, на испанском острове Майорка, в 1713 году. Его звали Мигель Хосе Серра Ферратер. . В юности он подумывал о вступлении в орден иезуитов, но когда ему было 16 лет, он поступил в францисканский орден в монастыре в Пальме. Он взял религиозное имя Джуниперо в честь итальянского святого 13-го века Юниперуса.
Серра был рукоположен в священники в 1737 году и следующие 15 лет провел, преподавая философию в университете Льюкмайор. В 1749 году он вызвался на миссионерскую службу в Новом Свете.
«Серра» отплыл в Америку в начале 1749 года, прибыв сначала в Веракрус, Мексика, а затем в Мехико. Он проработал миссионером в регионе Сьерра-Горда в Мексике в течение восьми лет, прежде чем в 1758 году его направили в Нижнюю Калифорнию.
В 1767 году испанские власти выбрали Серру, чтобы возглавить группу францисканских миссионеров в Альту (Верхнюю) Калифорнию, которая недавно была приобретена Испанией у Мексики. В 1769 году Серра основал три миссии в Калифорнии, в том числе миссию Сан-Диего-де-Алькала, которая была первым постоянным европейским поселением в Калифорнии.
Серра основал в общей сложности девять миссий в Альта-Калифорнии. Он много путешествовал по региону, часто ходил босиком и неся тяжелый крест, и проповедовал индейцам о христианстве. Ему приписывают обращение тысяч коренных американцев в католицизм.
Во время своей миссионерской работы _Серра_ столкнулся с многочисленными проблемами, включая конфликты с коренными американцами и нехватку припасов. В последние годы своей жизни он также страдал от плохого здоровья. Тем не менее, он упорствовал в своих усилиях по распространению христианства в Калифорнии до своей смерти в 1784 году.
Наследие Серры сложное и противоречивое. Некоторые хвалили его за его миссионерское рвение и гуманитарные усилия, но его также критиковали за его роль в испанской колонизации Калифорнии и его обращение с коренными американцами.
В 1987 году Серра был канонизирован в лике святых Папой Иоанном Павлом II. Его память отмечается 28 августа по литургическому календарю Римско-католической церкви.