Отец Джона, Питер, был богатым плантатором, владевшим рабами. Джон вырос в рабовладельческом обществе и поначалу воспринимал институт рабства как нечто нормальное. Однако, когда он стал старше, он начал подвергать сомнению мораль рабства. Его беспокоил тот факт, что с рабами обращались как с собственностью, а не как с людьми, и он осознавал жестокость и насилие, которым часто подвергались рабы.
В начале 1770-х годов Джон начал выступать против рабства. Он написал серию эссе, в которых доказывал, что рабство является морально неправильным и что его следует отменить. В своем самом известном эссе «Африканское рабство в Америке» он писал:
>"Рабов в Америке не только лишают свободы, но и обращаются с ними с самой возмутительной жестокостью и варварством... Их избивают, бьют и пытают без малейшей провокации и за самые пустяковые проступки. Иногда их даже казнят самым жестоким и бесчеловечным способом».
Джон также утверждал, что рабство вредно для экономики. Он считал, что рабство препятствует развитию свободного и процветающего общества и приводит к социальному неравенству и конфликтам. Он написал:
> «Рабство не только зло само по себе, но оно также является источником больших расходов и неудобств для страны. Оно препятствует росту населения и улучшению почвы. Оно препятствует промышленности, порождает праздность и роскошь. "
Взгляды Джона на рабство были радикальными для его времени. Он был одним из первых белых людей в Америке, выступивших против рабства, и столкнулся со значительным сопротивлением со стороны рабовладельцев и других сторонников рабства. Однако он никогда не колебался в своей убежденности в том, что рабство — это неправильно, и продолжал бороться за его отмену до самой своей смерти.
В 1777 году Джон помог основать Пенсильванское общество отмены рабства, одну из первых организаций в Соединенных Штатах, занимающихся отменой рабства. Он также был президентом Общества с 1787 по 1791 год. Работа Джона по отмене рабства помогла вдохновить аболиционистское движение в Соединенных Штатах и в конечном итоге привела к отмене рабства в 1865 году.