Сан-Карлос-Борромео подвержен стихийным бедствиям из-за своего расположения в поясе тихоокеанских тайфунов и близости к горам Замбалес. Тайфуны, проливные дожди и землетрясения являются наиболее распространенными стихийными бедствиями в муниципалитете.
В последние годы Сан-Карлос-Борромео пострадал от нескольких крупных тайфунов. Тайфун Пепенг (международное название:Парма) обрушился на остров Лусон 3 октября 2009 года. Тайфун вызвал широкомасштабное наводнение и ущерб в Сан-Карлос-Борромео. Тайфун Гленда (международное название:Раммасун) обрушился на берег 14 июля 2014 года, а также вызвал существенный ущерб муниципалитету.
11 августа 2022 года в Сан-Карлос-Борромео произошло землетрясение магнитудой 7,1 с эпицентром недалеко от Таюма, Абра. Землетрясение вызвало оползни и нанесло ущерб зданиям, домам и инфраструктуре. Многие люди были ранены или убиты.
Муниципалитет также уязвим к оползням из-за своей гористой местности. Сильные дожди могут привести к наводнениям и оползням, которые могут нанести ущерб инфраструктуре и имуществу. Землетрясения также представляют собой риск, поскольку провинция расположена недалеко от зоны Филиппинского разлома.
Филиппинский институт вулканологии и сейсмологии (PHIVOLCS) отслеживает сейсмическую активность в этом районе. Агентство выпускает рекомендации и предупреждения для жителей в случае надвигающихся стихийных бедствий.
Чтобы смягчить последствия стихийных бедствий, Сан-Карлос-Борромео принял ряд мер, таких как строительство эвакуационных центров, обучение местных жителей готовности к стихийным бедствиям и проведение учений. Местное правительство также работает с национальными агентствами и неправительственными организациями для оказания помощи и поддержки пострадавшим сообществам.
