Объявление Джунагада Наваба о присоединении к Пакистану вызвало беспокойство среди жителей Джунагадха, и люди выступили против действий Наваба и создали независимое временное правительство. Правительство Индии направило телеграмму премьер-министру Пакистана Лиакату Али с просьбой отклонить присоединение Джунагадха. Лорд Маунтбаттен отправил эту телеграмму в Карачи в руки начальника штаба генерал-губернатора лорда Исмэя. Лиакат Али отказался принять это требование правительства Индии, заявив, что телеграмму, отправленную с лордом Исмеем, не подписал заинтересованный министр Джавахарлал Неру. 13 сентября 1947 года правительство Пакистана объявило, что решение Джунагада Наваба было принято и теперь оно будет считаться частью Пакистана.
Небольшой контингент из Пакистана был отправлен в Джунагад морем. Эти действия Пакистана нарушили соглашение, достигнутое между Конгрессом и Мусульманской лигой, в котором обе стороны согласились, что княжеские государства, окруженные границами Индии, должны быть найдены в Индии.
После того, как Пакистан принял объявление об аннексии Джунагада, солдаты Наваба Мухаммада Махабата Ханджи начали преследовать индуистов штата Джунагад, так что большинство индуистов бежали из Джунагада. Вокруг Джунагадха собрались небольшие индуистские княжества.
Наваб захватил эти княжества, отправив свои армии. Он обратился за помощью к правительству Индии. Маунтбеттен предложил передать этот вопрос в Организацию Объединенных Наций, иначе между Индией и Пакистаном разразится война. Сардару Пателю это предложение не понравилось. Они также хотели бросить вызов Хайдарабаду и Кашмиру, преподав Джунагадху трудный урок.
24 сентября 1947 года правительство Индии обратилось к Силам обороны Катхиавара с просьбой принять меры против Джунагадха. Эта армия окружила Джунагадх со всех сторон. Несколько дней спустя, когда армии Джунагадха не хватило материально-технического обеспечения, индийская армия двинулась вперед. Жители Джунагадха приветствовали эту армию.
24 октября 1947 года наваб бежал в Пакистан на своем специальном самолете. Он хотел взять с собой в самолет своих четырех жен и сотни собак, но в Джунагадхе осталась одна жена и множество собак. Наваб также взял с собой все свои драгоценности. Наваб и его семья поселились в Карачи. 9 ноября 1947 года индийская армия захватила Джунагадх.
20 февраля 1948 года правительством Индии в Джунагадхе был организован референдум, в котором приняли участие более 2 тысяч жителей княжеского государства и 99 процентов населения выразили желание присоединиться к Индии. Наваб Мухаммад Махабат Ханджи умер в Пакистане 17 ноября 1959 года. Наваб Шах Наваз Бхутто из Джунагадха также отправился в Пакистан, где ему подарили огромную землю в Карачи.
