Однако со временем религиозная политика Джеймса стала более ограничительной. Он становился все более нетерпимым к католицизму и пуританству и начал серию преследований против этих групп. В 1605 году он приказал казнить Гая Фокса и других заговорщиков «Порохового заговора» — попытки католиков взорвать здание парламента. Он также принял ряд законов, ограничивающих права католиков, в том числе законы об отказе от католиков, которые налагали большие штрафы на католиков, отказывавшихся посещать службы англиканской церкви.
В 1610 году Джеймс созвал конференцию в Хэмптон-Корте, на которой собрались представители англиканской церкви и пуритан. Конференция не смогла прийти к соглашению, и пуритане еще больше отдалились от англиканской церкви.
Религиозная политика Джеймса в конечном итоге не достигла своих целей. Он не смог провести умеренную политику религиозной терпимости, а его преследования католиков и пуритан лишь углубили религиозные разногласия в Англии.
