Сочинения и действия Джефферсона отражают его двойственное отношение к рабству. В своей книге «Заметки о штате Вирджиния», опубликованной в 1785 году, он утверждал, что рабство является неизбежным злом, и защищал этот институт, основанный на предполагаемой неполноценности афроамериканцев. Однако он также выразил веру в равенство всех людей, независимо от расы или социального статуса.
Джефферсон предлагал различные схемы постепенного освобождения и переселения рабов, но так и не предпринял конкретных шагов для их реализации. Он опасался социальных и экономических последствий эмансипации и потенциальной реакции со стороны рабовладельцев на Юге.
В 1808 году Конгресс принял закон, запрещающий ввоз новых рабов из Африки. Джефферсон подписал этот закон, но его влияние было ограниченным, поскольку в Соединенных Штатах продолжалась внутренняя работорговля.
Наследие Джефферсона в отношении рабства остается спорным. Хотя он критиковал этот институт и продвигал идеалы равенства, его неспособность освободить своих рабов и его защита рабства в некоторых его произведениях стали источником критики. Его сложные и противоречивые взгляды отражают двусмысленность и напряженность, окружавшую рабство в ранних Соединенных Штатах.