Южные штаты утверждали, что компромисс нарушил их права, предусмотренные Конституцией, и что он дискриминирует их, не позволяя им распространять рабство на новые территории. Они также считали, что компромисс является нарушением принципа прав штатов, поскольку он налагает федеральные ограничения на институт рабства.
Компромисс Миссури также привел к усилению напряженности между Севером и Югом, поскольку он вывел проблему рабства на передний план национальной политики. В конечном итоге компромисс не смог решить проблему рабства и в конечном итоге способствовал развязыванию Гражданской войны.
