В ноябре 1948 года генерал Маркос, получивший имя Вафияхис, вынужден был передать руководство партизан Никосу Захариадису — опытному коммунистическому боевому командиру. Через месяц‑два маршал Александр Папагос, победитель албанской кампании 1940‑1941 годов, возглавил греческую армию.
Партизанам предстояло вести безнадёжную борьбу, но они могли бы дольше держаться в северных горах, если бы президент Тито в июле 1949 года не объявил о закрытии греко‑албанской границы и прекращении всей помощи партизанам. Разрыв Тито с советским блоком делал опасным наличие враждебного государства на его южной границе, поэтому он поспешил заключить союз с Афинами.
16 октября коммунисты по радио объявили о прекращении боевых действий, чтобы спасти страну от полного разрушения.
Третья фаза греческой гражданской войны подходила к концу. Потери правительственных сил превысили 21 000 погибших и пропавших без вести, а также 40 000 раненых. Было разрушено почти 12 000 домов, более 4 000 мирных жителей были расстреляны партизанами, а тысячи, в том числе дети, стали заложниками и были вывезены за границу. Наиболее серьёзные последствия войны — моральные и психологические. Греция по‑прежнему ощущает отголоски вражды и недоверия, а целое поколение выросло в условиях, когда политическая борьба оставила лишь горькое наследие.
