Однако системой энкомьенды часто злоупотребляли. Многие энкомендеро обращались с коренными народами как с рабами, заставляя их работать по многу часов в опасных условиях и платя им низкую заработную плату или вообще не платя ее вообще. Коренные жители также часто подвергались физическому и сексуальному насилию. В результате система энкомьенда оказала разрушительное воздействие на коренное население Америки.
Система энкомьенда была в конечном итоге отменена в 18 веке, но ее наследие насилия и эксплуатации продолжает влиять на коренное население Америки и сегодня.
