Одной из основных религиозных групп в средних колониях была Голландская реформатская церковь. Голландские поселенцы привезли с собой эту протестантскую конфессию из Нидерландов, и она стала официальной церковью в колонии Новые Нидерланды. Голландская реформатская церковь верила в суверенитет Бога, авторитет Священного Писания и важность личного благочестия.
Другой значительной религиозной группой в средних колониях были английские квакеры. Квакеры, также известные как Общество Друзей, были протестантской сектой, которая подчеркивала важность внутреннего света и прямого общения с Богом. Они отвергали необходимость формального духовенства и считали, что все верующие равны в глазах Бога.
Помимо Голландской реформатской церкви и квакеров, в средних колониях был представлен ряд других религиозных групп, включая лютеран, баптистов, пресвитерианцев и католиков. Средние колонии представляли собой плавильный котел различных религиозных верований, и это разнообразие помогло создать более толерантное и плюралистическое общество.
