Экспедиция Льюиса и Кларка прошла вдоль множества крупных рек Западных Соединённых Штатов. Ниже перечислены самые значимые из них.
Миссури
Главный водный путь, по которому путешествовали исследователи почти всё путешествие: от лагеря Вуд рядом со Сент-Луисом до истоков реки в современном штате Монтана.
Йеллоустоун
Река Йеллоустоун встретилась им в верхнем бассейне Миссури; она впадает в Миссури в территории нынешней Северной Дакоты.
Снейк
Снейк протекала через горы Биттеррут, где Льюис и Кларк пересекали её. Это важный приток Колумбии в Северо‑Западном регионе.
Колумбия
Колумбия сыграла ключевую роль в выходе к Тихому океану: экспедиция спустилась по ней от внутренних территорий к побережью.
Клирвотер
Во время изучения бассейна Колумбии они также прошли по Клирвотер, которая впадает в Снейк в современном Айдахо.
Уилламетт
На последнем этапе в Тихоокеанском Северо‑Западе они исследовали Уилламетт, текущую через плодородную долину Уилламетт в Орегоне.
Все перечисленные реки стали важными навигационными артериями, позволившими открыть обширные и тогда ещё неизвестные территории американского Запада.