В 1555 году Кранмер предстал перед судом за ересь и измену. Несмотря на то, что под давлением он отказался от своих протестантских убеждений, он был признан виновным и приговорен к смертной казни. 21 марта 1556 года он был сожжен на костре возле Баллиол-колледжа в Оксфорде.
Казнь Кранмера ознаменовалась драматическим событием. Когда пламя охватило его, Кранмер сунул правую руку в огонь, заявив:«Эта рука обидела». Ранее он подписал документ об отказе от своей протестантской веры, и этот поступок символизировал его глубокое сожаление по поводу этого.
Смерть Томаса Кранмера стала поворотным моментом в истории английской Реформации. Его мученическая кончина вдохновила многих протестантов и помогла укрепить их решимость перед лицом преследований. Непоколебимая приверженность Кранмера своим убеждениям, даже перед лицом неминуемой смерти, обеспечила ему место одной из самых влиятельных фигур английской Реформации.