Народ айнов населял северные острова Японии, включая Хоккайдо, по крайней мере 13 000 лет. Археологические данные свидетельствуют о том, что айны уже присутствовали на Хоккайдо в эпоху позднего плейстоцена. Генетические исследования также выявили тесную генетическую связь между айнами и коренными народами Сибири и Северо-Восточной Азии. На протяжении всей своей истории айны сохраняли особую культуру, язык и образ жизни, отделенные от большинства японского населения Ямато.