Теория 1. Переезд вглубь континента
Некоторые историки считают, что поселенцы просто ушли вглубь земли, оставив прибрежную зону. Эта гипотеза опирается на отсутствие следов битвы или массового уничтожения в колонии, а также на хорошие отношения с местными племенами индейцев, которые могли помочь им интегрироваться в новые территории.
Теория 2. Смерть от рук индейцев
Другая версия предполагает, что колонисты были убиты представителями коренного населения. В то время между англичанами и индейцами существовали напряжённые отношения, а в истории известны случаи нападения на английские поселения.
Теория 3. Переход на остров Кроатоан
Третья гипотеза связывает исчезновение с перемещением на остров Кроатоан, расположенный примерно в 80 км к югу от острова Роанока. На дереве в колонии было выгравировано слово «Croatoan», а в записях колонистов упоминалось, что в случае опасности они планируют переселиться именно туда.