Когда миссия Сан-Карлос закрылась, земли миссии были разделены и переданы местным жителям и чиновникам. Многие из коренных американцев, живших в миссии, были вынуждены искать новые дома, часто переезжая в близлежащие города или другие миссии. Некоторые из зданий миссии были заброшены и разрушены, а другие были перепрофилированы под другие цели, например, под школы или склады. Закрытие миссии Сан-Карлос означало значительное изменение в образе жизни коренных американцев в этом районе и ознаменовало конец эпохи миссионерского контроля.