1. Задержание и интернирование: Во время войны остров Эллис использовался в качестве места содержания под стражей и интернирования лиц, подозреваемых в связях с вражескими странами. В их число входили иммигранты и жители Германии, Италии и Японии, которые считались потенциальной угрозой безопасности. Учреждение предоставило этим лицам временное жилье и допросы до установления их статуса.
2. База береговой охраны: Остров Эллис также служил базой береговой охраны США во время Второй мировой войны. Береговая охрана использовала возможности острова для обучения личного состава, координации патрулирования и защиты прибрежных вод от потенциальных атак противника. Стратегическое расположение острова в гавани Нью-Йорка сделало его идеальной базой для береговой охраны для выполнения своих обязанностей во время войны.
После Второй мировой войны остров Эллис возобновил свою основную роль иммиграционной станции, пока не был официально закрыт в 1954 году. Позже остров был преобразован в музей, посвященный истории иммиграции в Соединенных Штатах.