Ферри стремился ликвидировать привилегии, предоставленные церкви законом, и, прежде всего, обеспечить справедливое представительство государственных преподавателей в Совете общественного просвещения.
Закон от 27 февраля 1880 года, касающийся Верховного совета, заменил принцип педагогической компетенции принципом представительства «социальных влияний». Вместо епископов, пасторов и раввинов, советников государства и судей Кассационного суда в совете появилось место для избранных представителей всех отраслей образования (аналогичный принцип был применён при реформе академических советов в провинциях).
Обсуждение закона выявило сильные страсти, противостоящие Фаллоку и вдохновлённые епископом Дюпанлуэ. «Ваши епископы», – горько сказал Ферри правому лагерю.

Закон от 15 марта 1850 года, защищавший вас, сделал вас хозяевами среднего образования. Ферри возмутился: «Что вы сделали с нашими учебными заведениями, которые под импульсом монсеньора Дюпанлуэ и Монтальембера поставили Университет Франции под надзор своих противников?»
Ферри громко провозгласил, что в соответствии с принципом разделения духовного и светского необходимо упразднить «епископскую скамью» в Верховном совете общественного просвещения, как это уже было сделано в верхних палатах.
Эта первая реформа предвещала дальнейшие изменения. Открыв первое заседание нового Совета 31 марта 1880 года, Ферри отметил, что Университет, будучи с 1850 года лишь административным аппаратом, с этого дня стал живым, организованным и свободным организмом. Республика выплатила Университету долг; Университет, в свою очередь, отдолбит долг перед Республикой, самостоятельно реализуя давно ожидаемую реформу учёбы.
Одновременно с проектом о Верховном совете Ферри внес законопроект о высшем образовании, направленный против закона от июля 1875 года (закон Бюфе), вдохновлённого Дюпанлуэ и названного Гамбеттой «костяком в горле каждого республиканца». Этот закон распространял на высшее образование либеральный, благоприятный церкви дух закона Фаллоку. Ферри стремился упразднить свободные высшие учебные заведения, католические институты и факультеты, созданные по закону Бюфе, и отменил смешанные комиссии, включавшие представителей как свободных учреждений, так и государственных факультетов, уполномоченных присуждать степени бакалавра и доктора.
Отмена смешанных комиссий была зафиксирована в статьях I‑V проекта. Государственные факультеты вновь получили монополию на присвоение университетских степеней; ни одно свободное учреждение не могло называться университетом. В проекте также появился статья 7, необычным образом охватывающая все виды образования: «Никому не разрешается руководить публичным или частным учреждением любого уровня и преподавать в нём, если он принадлежит неразрешённому ордену».
Ферри не скрывал, что статья 7 в первую очередь направлена против иезуитов. В своей речи в Эпинале 25 апреля 1879 года он громко заявил, что правительство преследует орден, запрещённый всей историей – Общество Иисуса: «Да, именно им, господа, мы хотим отнять душу французской молодёжи».
Если бы иезуиты запросили разрешение, оно было бы заранее отклонено, поскольку они руководили большинством колледжей, где воспитывались дворянство и высший средний класс – так называемое «хорошее общество», крепость сопротивления Республике.
Таким образом, Ферри убил двух зайцев: с одной стороны, он укрепил светскую власть, а с другой – разрушил главную опору консервативного и контрреволюционного духа, завершив вендетту Республики против консерваторов и духовенства.