Верный спутник
В 1934 году Гитлер без колебаний назначил Карла Брандта своим личным врачом‑спутником (Begleitarzt). Брандт охотно принял эту должность и с тех пор сопровождал диктатора в поездках, посещал немецкие города и деревни, знакомился с партийными лидерами.
Как отмечает биограф Ульф Шмидт, Гитлер искал «необычную личность», способную вдохновлять его на великие свершения, и нашёл её в лице Брандта.
По словам авторов книги «Война врачей Гитлера», роль Брандта была в основном «быть на готове с медицинской сумкой и аптечкой, если вдруг понадобится помощь». До попытки убийства Гитлера 20 июля 1944 г. диктатор почти никогда не требовал неотложного лечения.

Брандт также помогал советникам Гитлера с их медицинскими проблемами. Благодаря покровительству Фюрера он быстро продвинулся по служебной лестнице и уже через десять лет стал профессором медицины.
Несмотря на близость к Гитлеру, Брандт ожесточённо конкурировал с другим личным врачом Адольфа Гитлера, Тео Мореллом, за влияние над «пациентом А».
«Благодать смерти»
В октябре 1939 г. Брандт был приглашён в Бергхоф, где Гитлер обсудил судьбу пациентов психиатрических больниц. «Эти несчастные существа должны быть избавлены», – сказал диктатор, назвав процесс «благодатью смерти».

Брандт сразу же взялся за реализацию плана, который вошёл в историю как операция Т‑4. По разным оценкам, в её рамках было уничтожено от 200 000 до 250 000 человек, в том числе новорождённые с тяжёлыми пороками.
Брандт рассматривал эвтаназию как «медицинскую операцию», компенсирующую потери «ценных членов нации» в войне.
Владыка жизни и смерти
С 1942 г. Брандт возглавил всю систему здравоохранения Третьего рейха, получив титул генерального комиссара. Он планировал создать полноценное министерство здравоохранения и контролировать всех врачей страны.
Под его руководством в концентрационных лагерях проводились бесчеловечные эксперименты над людьми. Хотя имя Йозефа Менгеле часто упоминается в связи с этими преступлениями, именно Брандт инициировал исследования на человеческих «подопытных».
Конфликт с Тео Мореллом привёл к утрате доверия Гитлера к Брандту, и врач был исключён из ближнего окружения диктатора.
«Это был приказ»
16 апреля 1945 г. СС арестовала Брандта, когда он пытался спасти свою семью, покинув разрушенный Берлин. После короткого заключения его отпустил глава Германского флота Карл Дёниц, но вскоре британцы передали его в суд.

На Нюрнбергском процессе Брандт признавался в ответственности за программу эвтаназии, принудительные стерилизации и «жестокие, часто смертельные» эксперименты над заключёнными. Он заявлял: «Я действовал по приказу, как солдат, не мог отказаться».
Суд вынес приговор смерти через повешение. 2 июня 1948 г. приговор был приведён в исполнение в тюрьме Ландсберг.