Стивен Хопкинс был женат на Элизабет Фишер в 1613 году. У них было десять детей:Констанция (1618 г.), Дамарис (1619 г.), Стивен (1621 г.), Элизабет (1623 г.), Джайлз (1625 г.), Калеб (1627 г.), Дебора (1628 г.). , Океан (1631 г.), Руфь (1632 г.) и Мария (1634 г.).