Считается, что магинданао произошли откуда-то в районе между нынешними островами Борнео, Суматрой и Малайским полуостровом. Они мигрировали на Филиппины примерно в 12 или 13 веке и поселились в бассейне Котабато. Магинданао изначально были мореплавателями, и их культура до сих пор находится под сильным влиянием моря.
Магинданао основал могущественный султанат в 16 веке, который правил большей частью Минданао и частями архипелага Сулу. Султанат был окончательно разгромлен испанцами в 19 веке, и Магинданао были вынуждены отступить во внутренние районы Минданао.
Сегодня магинданао — одна из крупнейших этнических групп на Филиппинах с населением более 1,5 миллиона человек. Это преимущественно мусульманский народ, и их культура находится под сильным влиянием ислама.