Отцом Хатшепсут был Тутмос I, фараон, правивший примерно с 1525 по 1512 год до нашей эры. У Тутмоса было две жены:Яхмос и Мутнофрет. Хатшепсут была вторым ребенком и единственной дочерью Тутмоса I и Яхмоса.
У Тутмоса I также был сын по имени Тутмос II от его второй жены Мутнофрет. Тутмос II сменил своего отца на посту фараона и правил около 13 лет. Он женился на сводной сестре Хатшепсут, Аменхотепе II, которая была матерью Тутмоса III, который в конечном итоге стал соправителем Хатшепсут и возможным преемником.
У Хатшепсут также было несколько братьев и сестер от обоих ее родителей, в том числе:
- Ваджмос, старший сын Тутмоса I и Яхмоса.
- Аменхотеп I, который умер молодым и так и не стал фараоном.
- Яхмос-Меритамун, ставшая Великой королевской женой
- Ситамун, которая также стала Великой королевской женой
- Инени, верховный жрец Амона и влиятельная фигура при дворе Хатшепсут.
Генеалогическое древо Хатшепсут имеет важное значение для понимания ее прихода к власти и ее политических маневров во время ее правления. Ее связи с различными членами королевской семьи позволили ей заручиться поддержкой и узаконить свое положение фараона в обществе, где доминируют мужчины.