3 августа 1990 года религиозное образование вновь появилось в польских школах, но путь его возвращения был полон споров.
После переговоров за круглым столом стало ясно, что церковь добьётся восстановления катехизации в светских школах – так же, как это было до войны и сразу после неё. Давление со стороны Католической церкви было огромным, её влияние росло день за днём.
Введение религиозного образования, наряду с запретом абортов и другими социальными вопросами, стало ключевым элементом стратегии епископата по усилению влияния церкви на государство и граждан. При этом правительство сопротивлялось, не желая финансировать религиозный конфликт в период реформ.
«Аутентичность» посещения религии
Церковь действовала через давление и факты. Публично, без согласования с правительством, епископы требовали вернуть религию в школы. Премьер‑министры Тадеуш Мазовецкий позже вспоминал многочисленные телефонные звонки от епископов и самого примата, настаивавших на быстром решении до начала учебного года.
Мазовецкий скептически относился к идее: он считал, что обязательное религиозное образование может подорвать «аутентичность» веры.
Однако правительство Мазовецкого, уже под атакой со стороны различных политических сил, включая Леха Валенсу, нуждалось в поддержке церкви для укрепления своего положения и предвыборной кампании. Поэтому премьер‑министр ускорил процесс.

В июле совместная подкомиссия правительства и Польской епископальной конференции объявила, что религия будет возвращена в школы как необязательный предмет, который будут вести священники без оплаты.
30 августа тогдашний министр образования проф. Генрик Самсонович, согласовав с Мазовецким указ, предполагал, что государство будет выплачивать зарплаты катехизаторам.
Публичных обсуждений не было, парламентный процесс был обойдён. По мнению проф. Эвы Лентовской, тогдашнего омбудсмена, правительство нарушило Конституцию и Устав учителя. Лентовская подала жалобу в Конституционный трибунал.
Беспокойство о светском характере государства
Решение правительства Мазовецкого разделило общественное мнение. Одни приняли его положительно или безразлично, другие критиковали способ внедрения религии в школы, опасаясь подрыва светского государства.
Комментарий Петра Пачевича в «Газете Выборча» отражает атмосферу того времени:
«Премьер‑министр Мазовецкий поставил своих сторонников в трудное положение. Вопрос о религиозном образовании не обсуждался ни в парламенте, ни в правительстве, не было референдума. Решение было принято полупрозрачно, без публичных аргументов и вразрез с актом о взаимоотношениях государства и церкви 1989 года и действующей Конституцией».

Конституционный трибунал постановил, что разделение церкви и государства не нарушено, поскольку Министерство образования лишь предоставляло помещения для занятий.
Профессора университетов и члены Польской академии наук приводили аналогичные аргументы. Заместитель министра образования Анна Радзивилл в ответ на требование референдума заявила: «... независимо от результата референдума это навредит меньшинству и навяжет волю большинства, а сейчас это не свободный выбор родителей и детей».
Трибунал подтвердил, что указ министра соответствует Конституции; три судьи проголосовали против, считая, что только парламент может принимать такие решения.
Отказ Конституционного суда от жалоб
В 1992 году новый министр образования Андрей Стельмаховский издал порядок организации религиозного образования. По мнению омбудсмена, регламент нарушал принцип светского государства, однако суд отклонил жалобу полностью.
Контроверсии касались и организации катехизации: хотя занятия проходили в государственных школах, а катехизаторы получали оплату из бюджета, государство не контролировало содержание уроков, а катехизаторы подчинялись прихожанским священникам, а не школьным советам.

Бископы не поддержали Мазовецкого на президентских выборах, а Лех Валенса был ближе к церкви.
В 1997 году Конституция официально разрешила религиозное образование в школах, но с условием, что оно не нарушает свободу совести и религиозные права других.
После президентских выборов правительство Мазовецкого ушло в отставку. Возвращение религии в школы при столь спорных условиях стало важным шагом церкви в подчинении общественной жизни и одним из проявлений капитуляции светского государства. Сегодня всё больше польских граждан выступают за исключение религиозного образования из школ и прекращение его финансирования.