В Базеле французская Директория проявила относительную щедрость, поскольку ей требовался испанский флот, который был третьим по величине в мире. Он вернулся к традиционному союзу Франции и Испании против Англии, этим положил начало союзу с Наполеоном. В этом смысл Договора Сан-Ильдефонсо. (1796). Испания стала вспомогательной силой Франции, что вынудило его вступить в войну в следующем году. В Европе англичане нанесли тяжелое поражение испанскому флоту у мыса Сан-Висенте (14 февраля 1797 г.); в Америке они оккупировали остров Тринидад, расположенный перед устьем Ориноко и, следовательно, являвшийся прекрасной базой для контрабанды. Внутреннее положение было не лучше. Просвещенная элита чувствовала разочарование, если не преследование; наиболее значимым случаем является случай с Ховелланосом. , честный и уважаемый судья, который после непродолжительного пребывания в министерстве впал в опалу и был сослан в провинцию. В народных слоях проявлялась непримиримая враждебность к Годою. Суд не мог игнорировать рост и насилие недовольства. Он принес в жертву Годоя, ушедшего из правительства, но я сохраняю все почести и гонорары, накопленные за последние несколько лет.
Хотя официально он был отстранен от власти, Годой сохранил доверие короля, который ничего не делал, не посоветовавшись с ним. Испания в то время производила впечатление играющей бесславную роль помощи наполеоновской Франции, одержимой желанием уничтожить могущество Англии. Испания участвовала в экспедиции, которую Франция планировала запугать Португалию, союзницу Англии. По этому поводу — так называемая оранжевая война. (Февраль 1801 г.) - Годой исполнял обязанности главнокомандующего испанской армии. Будучи преисполнен решимости унизить Англию, Наполеон задумал два плана:вторгнуться на ее территорию и разрушить ее торговлю; эти проекты лежат в основе французской интервенции в Испании. Испанскому правительству пришлось предоставить свой флот в распоряжение Наполеона. Французская и испанская эскадры встретились в Кадисе; когда они попытались покинуть порт, английский адмирал Нельсон встретил их в Трафальгаре (октябрь 1805 г.); В этом случае Испания потеряла большую часть своего флота, которому она посвятила так много усилий со времен маркиза Энсенады. Он уничтожил обе армады.
Годой согласился участвовать в новой экспедиции, чтобы заставить Португалию применить объявленную Наполеоном континентальную блокаду против английских товаров. Он был тем более готов это сделать, что Наполеон дал ему понять, что он получит от нее некоторую личную выгоду. В октябре 1807 г. французский император объявил Дом Браганса лишенным своих прав; Португалию собирались расчленить, а Годой, принц Алгарви, получил бы суверенитет над южной частью португальской территории. В соответствии с Фонтенблоским договором (22 октября 1807 г.) французские войска начали пересекать Испанию, направляясь в Португалию; другие французские войска, похоже, хотели направиться в Андалусию. Годой тогда заподозрил, что Наполеон подумывает оккупировать всю Испанию, и посоветовал Карлосу IV покинуть столицу и отправиться в Севилью; оттуда, если ситуация ухудшится, королевская семья сможет отправиться в Америку, как только что сделала португальская королевская семья.
Карлос IV последовал совету Годоя, но дальше Аранхуэса выйти не смог. Действительно, в течение нескольких месяцев росло недовольство Годоем, которого он винил во всех несчастьях нации и которому приписывали чрезмерное личное честолюбие; в январе 1807 года он получил новые почести:титул великого адмирала Испании и Индии, титул светлейшего высочества, приравнивавший его к члену королевской семьи. Эти факты подтолкнули его противников сгруппироваться вокруг наследного принца дона Фернандо; речь шла о том, чтобы посадить его на трон Испании вместо его отца Карлоса IV. Первый заговор провалился в Эль-Эскориале (октябрь 1807 г.). Но второй оказался более успешным, в Аранхуэсе, 17 марта 1808 года. Два дня спустя Карлосу IV пришлось принести Годоя в жертву и лишить его всех титулов, но толпа не была удовлетворена. Карлосу IV ничего не оставалось, как 19 марта отречься от престола в пользу сына. Фердинанд VII намеревался править, но присутствие французской армии в Испании заставило Наполеона стать арбитром кризиса, в котором погряз испанский королевский дом. Наполеон заманил Карла IV и его сына в Байонну и заставил обоих отречься от престола. Таким образом он посадил на испанский престол своего брата Хосе I. .
