Папа Павел VI, издав буллу Onmimoda, возобновил привилегии моникатных орденов, позволив им проповедовать среди язычников и усилив их роль по сравнению с традиционными монашескими орденами — контемплятивными и военными, которые вели активную деятельность в ходе испанской реконкисты. Первыми моникатными орденами в Новом Свете стали францисканцы и доминиканцы, к которым присоединилась орда «Ла Мерсед», не являющаяся моникатным орденом, но отправившая одного из своих монахов с Колумбом во второе путешествие. Позже к ним присоединились августинцы, а в середине XVI в. появились иезуиты — четвёртый моникатный орден, а также более мелкие ордены, такие как босоногие кармелиты, капуцины и др.
Значительная роль принадлежала женским орденам: августинцы, бригидины, капуцины, кармелиты, бедные клариссы, концепсьонистки, доминиканки, орден Воплощения, Учительницы и иеронимитки. Набожницы, особенно францисканки и доминиканки, занимались образованием коренных девушек и молодых женщин. Уже в 1524 году Эрнан Кортес просил отправить в Мексику монахинь. В колониях также действовали госпитальные ордена, например, орден Сан-Хуана де Диоса.
С самого начала духовного завоевания Ватикан стремился контролировать процесс: в 1568 г. было создано Конгрегационное собрание по обращению неверных, а в 1622 г. началась работа Пропаганды Фиде с миссионерской задачей в Америке. Испания и Португалия резко противились вмешательству папы, ограничивая его влияние. После Тридентского собора приоритет был смещён от орденов к светскому духовенству и епископам; новые монастыри орденов строились лишь в периферийных регионах.
Орден францисканцев
Францисканцы стали одними из первых миссионеров в Новом Свете, тесно связавшись с открытием Антильских островов. В 1505 г. они основали провинцию Санта‑Крус де лас Индиас Окципиенталес на Гаити. По мере продвижения завоеваний францисканцы отправлялись из Гаити в Тьерра‑Фирме, а затем в Новую Испанию. Педро де Ганте и два фламандских монаха стали ядром миссионерской группы при завоевании Мексики; в 1524 г. «двенадцать апостолов» под предводительством францисканца Мартина де Валенсии высадились на берега Мексики.
К 1527 году орден имел несколько провинций в Индиях: Антильские острова, Мексику, Гватемалу и Перу. Францисканцы организовали генеральный комиссариат при королевском дворе по рекомендациям Филиппа II и подчинялись нормам Конгрегации Пропаганды. Капуцины — строгая ветвь францисканцев — поселились в Мексике, а затем распространились в Гватемалу и Лиму. Пурис Кларис (монахини‑мироносицы) прибыли в Керетаро в 1607 г., позже основывая монастыри в Перу и Новом Испании. Их деятельность была в основном контемплятивной и монархической, без образовательных и евангелизационных функций; клоцеры часто населяли дочери местных олигархов.
К 1789 году францисканцы насчитывали в Америке и на Филиппинах 241 монастырь, 163 миссионерских редукции и 139 приходов и викарий для индейцев, включая почти 4 200 религиозных.
Орден доминиканцев
Доминиканцы пришли в Новый Свет чуть позже францисканцев, но их влияние оказалось ощутимее, чем численность: к началу XVI в. 30 % всех назначенных епископов в Америке были доминиканцы. В 1509 г. пятнадцать доминиканцев во главе с отцом Педро де Кордоба высадились на Гаити. Все члены ордена в Америке строго соблюдали реформы, принятые на Пиренее, однако их строгий нравственный код часто конфликтовал с распущенными обычаями колонистов.
Знаменитый случай — проповедь отца Антонио де Монтесиноса в Санто-Доминго в 1511 г., где он осуждал злоупотребления колонистов над индейцами. Доминиканцы, как и францисканцы, следовали за завоевателями, но их первая экспедиция в Мексику не принесла успеха. В 1530 г. они создали первую автономную американскую провинцию в Санто-Доминго, а в 1532 г. Новую Испанию отделили в отдельную провинцию. Доминиканцы активно участвовали в завоевании Новой Гранады и вели значительную миссионерскую работу в Перу и Кито.
Орден иеронимитов
Прибытие иеронимитов объясняется желанием кардинала Сиснероса найти компромисс в борьбе доминиканцев и францисканцев за энкомьенды на Гаити. В 1514 г. Сиснерос поддержал амбициозный план, основанный на идеях лас Касаса, по упразднению энкомьенд и концентрации индейцев в городах. Иеронимиты, занимавшие посты губернаторов Гаити между 1516 и 1519 годами, провели ряд реформ, ослабляющих власть энкомендеров, хотя не реализовали все предложения лас Касаса. При Карлосе I власть энкомендеров возобновилась, и орден вернулся в Испанию. Несмотря на ограниченную пастырскую деятельность, в XVI‑XVII вв. 17 иеронимитов‑монахов были назначены епископами в Индиях.
Орден августинцев
Августинцы, ещё один моникатный орден, пришли в Америку после францисканцев и доминиканцев. Их работа характеризуется строительством великолепных храмов, отражающих синтез европейской и индейской культур. В 1533 г. семь августинских монахов прибыли в Мексику и начали миссионерскую деятельность в регионах, где не присутствовали другие ордена. С тех пор августинцы активно работали в Новом Свете и на Филиппинах; в их число входили монастыри в Чукисаке и Сантьяго‑де‑Чили.
Орден иезуитов
Позднее основание ордена (1540 г.) и ограничение доступа к колониям объясняют их более позднее появление в Америке. Иезуиты впервые прибыли в Бразилию за 20 лет до появления в испанской Америке, когда португальская корона поручила им евангелизацию своих колоний. В начале их попытки попасть в испанские колонии отклонялись Папой (1538 г.) и Инквизиционным советом (1555 и 1558 г.). С 1565 г., при Филиппе II, отношение изменилось, и в 1566 г. совет Инди́й включил их в список орденов, допущенных к пастырской работе, ограничив их деятельность Южной Америкой.
От Лимы иезуиты распространились в Чили, Тукуман и Парагвай. В 1571 г. Филипп II разрешил их поселение в Мексике, и они прибыли туда в 1572 г. Их тщательная подготовка, в частности изучение индейских языков, способствовала успешной миссионерской работе. Наибольший расцвет орден достиг в своих редукциях — автономных миссиях, где помимо евангелизации уделялось большое внимание образованию индейцев и креолов. В миссиях создавались колледжи и университеты, а в Лиме иезуитская школа управляла первой в Перу типографией.
Редукции
Редукции представляли собой концентрацию индейцев из определённого региона в специально организованных поселениях, управляемых по западным правилам и изолированных от испанского населения. Их предшественником стали госпитальные города, основанные Васко де Квирогой в Мичоакане в 1537 г., первая из которых — Сан‑Фе. В редукциях земля и труд распределялись коммунально, по модели Томаса Мора. Квирога убеждал, что наивная доброта индейцев, в противопоставлении коррумпированному духу европейцев, создаёт условия для реализации утопии Мора в Новом Свете.
В Мексике такие поселения назывались конгрегациями. Основной целью редукций была христианизация индейцев: близость к священникам и испанским властям способствовала их аккультурации. Наиболее известны редукции иезуитов, особенно в Парагвае, где они охватили почти 300 000 гуарани. На севере Мексики миссии собрали около 100 000 индейцев. Несмотря на утопический образ, в реальности редукции функционировали под строгим трудовым режимом и жёстким расписанием, что ограничивало свободу местного населения.
Редукции обладали широкой автономией, что приводило к конфликтам с местными землевладельцами (в 1721‑1735 гг. — войны с крупными владельцами) и с губернаторами. По этой причине реформаторы эпохи Бурбонов, стремившиеся укрепить монархическую власть, выступали против редукций и поддержали их изгнание. Дальнейшее ослабление пришло с атаками бандейрентесов — охотников за индейцами из Сан‑Паулу, которые продавали их в рабство в Бразилии. Окончательный упадок редукций произошёл после изгнания иезуитов в 1767 г., когда они были депортированы из Америки по указу Карла III.