Деятельность Святого офиса в Америке была менее масштабной, чем в Испании, отчасти из‑за запрета на прибытие мордов, евреев и еретиков в Новые земли и из‑за более позднего создания инквизиционных судов, а также их ограниченного присутствия в двух вице‑королевствах.
В 1568 году было принято решение о создании инквизиционных трибун, которые сначала открылись в Лиме (1570) и Мехико (1571). Третий суд появился в 1610 году в Картахене-де-Индиас, способствуя развитию города.
Для контроля над священнослужителями, особенно в вопросах обращения с коренными женщинами, Инквизиция стала отвечать за надзор за духовенством. С 1517 года все американские епископы получили инквизиционные полномочия, а в 1519 году назначены комиссии инквизиции для отдельных территорий.
Особенности инквизиционной деятельности в Америке
По сравнению с Испанией, количество и тяжесть приговоров в американской Инквизиции были существенно ниже. За два с половиной века существования в Лиме было вынесено лишь 30 смертных приговоров. Инквизиция в основном сосредотачивалась на предотвращении «коррупции» католицизма среди европейцев, борясь с иудейскими и протестантскими влияниями, а также с обвинениями в колдовстве.
Проблемы коренного населения не входили в её прямую юрисдикцию, хотя в некоторых случаях суды рассматривали дела против аборигенов, несмотря на формальный запрет. В Бразилии инквизиционные суды никогда не функционировали; в исключительных случаях обращения направлялись в Лиссабон.
