В начале гражданских конфликтов, в 1823 году, Иоаннис Макригианнис первоначально оказался на стороне фракции Колокотрониса. Однако, вступив в конфликт с Геннайосом Колокотронисом, он подчинился приказам своих противников и воевал против участка Колокотрониса в Триполице, который правительственные чиновники заняли в марте 1824 года.
Правительственные чиновники присвоили Макригианнису звание генерал-лейтенанта. Тем временем, однако, военная ситуация начала давить. Пока победившие правительственные чиновники Кунтуриотиса праздновали свои победы, пришли плохие новости. Турки разрушили Псару. Вскоре последуют еще худшие события. Макригианнис, однако, был отправлен правительством на Идру, чтобы защитить остров от возможного турецкого десанта. Однако вскоре он был отозван в Аргос и вместе с Папафлессой предпринял новый поход против колокотронцев.
Правители разгромили и разграбили области Аркадии и Мессинии. Макригианнис утверждает в своих мемуарах, что он не смог навязать свою власть своим бунтовщикам, осуществлявшим грабежи. В Каливии в Триполице люди Макригианни убили Паноса Колокотрониса, сына старейшины Мории.
Макригианнис сообщает, что на протяжении всего гражданского конфликта правительство Кунтуриотиса щедро платило румелиотским войскам за борьбу с пелопоннесцами. противники режима.
В ноябре 1824 года Макригианнис был отправлен в Афины в качестве правительственного эмиссара, чтобы убедить Гоуру и других вождей приехать на Пелопоннес для сражения. Макригианнис был назначен командующим гарнизоном Нафплиона и в этом качестве принимал участие в боях против военных в районе Коринфа. Правительственные чиновники одержали верх, и Гурас приступил к невероятным грабежам. В то же время другие правительственные силы под командованием Караискакиса разграбили регион Эгион. Тогда Макригианнис начал понимать ущерб, причиненный гражданским конфликтом, и воскликнул:«Боже, дай нам знания и добродетель, чтобы спастись, а не погибнуть преждевременно!».
Сам он, как пишет, запретил своим людям - около 350 человек - грабить. Но когда они увидели, что Гурас сделал со своим народом, они перестали подчиняться Макригианнису и последовали той же тактике. От каждой деревни, которую они покинули, остались только стены домов ! Макригианнис был вынужден сурово наказать четверых своих солдат, которые воровали и грабили. Однако это наказание было каплей в море.
Разруха и ненависть, разожженные междоусобицами, едва не оказали катастрофическое влияние на исход революции. К сожалению, мы, греки, не учимся на своих ошибках. Полностью раздосадованный ситуацией, Макригианнис вернулся в Нафплион. Там Макригианнис явился администрации и отрицал свою дальнейшую причастность к гражданским конфликтам.
«Я сказал правительству, что участвую в гражданской войне и нарушаю законы, меня не обмануть, я попросил их дать мне приказ отправиться в Румели сражаться на стороне турок, либо расформировать свое тело, либо послать другое, и я сижу как простой гражданин, но приказа о гражданской войне не слушаю", - говорит он.
Тем не менее ему было приказано отправиться в Аркадию. Тем временем Ибрагим высадился на Пелопоннесе. Греческие войска под командованием самого Кунтуриотиса потерпели сокрушительное поражение от Ибрагима в битве при Креммиди. Тогда египетский военачальник осадил крепости Наварино. Макригианнис в это время находился в Аркадии. Когда он узнал, что происходит, он попытался пойти и сражаться со своими людьми. Однако главы правительств региона не отпустили его, опасаясь за свою безопасность. Но и его люди особого энтузиазма не проявили. «Половина из них была за меня, поехали, половина отвернулась, а правительство, сказали они мне, не назначило нас для арабов, оно назначило нас для Аркадии».
Наконец, Макригианнис с частью своих людей отправился в Наварино и сражался с Ибрагимом, удерживая замок Неокастро, в течение нескольких дней, пока тот не сдал его по договору и не отправился в Каламату на британском корабле с теми людьми, которые его пережили. Недалеко от Каламаты он в последний раз встретил Папафлессу, который направлялся навстречу своей судьбе в Маниаки. Он сказал Макрияннису следовать за ним. Но последний отказался, так как его люди были безоружны и многие из них были ранены.
Макригианнис со своими людьми прибыл в Триполицу. Но там ему пришлось столкнуться с восстанием своих людей, которые требовали зарплату и компенсацию за ценное оружие, которое они были вынуждены оставить в Неокастро . Макригианнис оплатил их за свой счет. После этого он отправился в Нафплио, но правительство приказало ему вернуться в Триполицу, чтобы удержать город от приближающихся фаланг Ибрагима. Но по пути в Триполицу он узнал, что город уже завоеван.
