Смещение сторон в начале гражданского конфликта (1823‑1824)
В начале гражданских столкновений 1823 года Иоаннис Макригианнис стоял на стороне фракции Колокотрониса. Однако конфликт с Геннойосом Колокотронисом заставил его перейти на сторону оппонентов и сражаться против отряда Колокотрониса в Триполи, захваченной правительственными чиновниками в марте 1824 года.
Назначение и новые задания
Правительство назначило Макригианниса лейтенант‑генералом. В то время война усиливалась: после победных торжеств Кунтуоритиса пришла печальная весть – турки уничтожили Псар. Макригианнис был отправлен на Гидру для обороны от возможного турецкого высадки, но вскоре его вернули в Аргос, где вместе с Папафлесса возглавил новую кампанию против сторонников Колокотрониса.
Разорения в Аркадии и Мессинии
Под их руководством были разграблены территории Аркадии и Мессинии. В своих мемуарах Макригианнис отмечает, что не смог установить контроль над собственными отрядами, которые вели мародёрство. В Калавии (Триполи) его люди убили Пано́са Колокотрониса, сына старшего Мории.
Финансирование конфликтов
Макригианнис указывает, что правительство Кунтуоритиса щедро платило «румелийским» войскам за борьбу с пелопоннесцами. Деньги поступали из известного английского кредита и, вместо того чтобы идти на дело свободы, расходовались на подавление политических соперников.
Миссия в Афинах и участие в боях у Коринфа
В ноябре 1824 года Макригианнис был направлен в Афины как правительственный посланник, чтобы убедить Гура и других вождей присоединиться к борьбе в Пелопоннесе. Он стал командиром гарнизона в Нафплионе и принял участие в сражениях у Коринфа, где правительственные силы одержали победу, а Гура занялся разграблением. Одновременно войска под командованием Караискакиса грабили регион Эгион.
Осознание разрушений
Макригианнис, видя масштаб разрушений, воскликнул: «Боже, дай нам знания и добродетели, чтобы спасти себя, а не погибнуть преждевременно!». Он запретил своим 350 людям грабить, но после увиденного разрушения Гуры они отвернулись от его приказов. В каждой покинутой деревне оставались лишь разрушенные стены домов.
Последствия и отказ от участия в гражданской войне
Разрушения и ненависть, вызванные гражданской войной, почти погубили революцию. Макригианнис, отвращённый происходящим, вернулся в Нафплион, отказался от дальнейшего участия в конфликте и заявил правительству, что не желает выполнять приказы, противоречащие законам.
Бои против Ибрагима Паши и последние события
Несмотря на приказ, он был отправлен в Аркадию. После поражения греческих сил под руководством Кунтуоритиса Ибрагимом Пашой в Креммиди, осады Наварина и других укреплений, Макригианнис попытался присоединиться к бою, но местные лидеры отказали ему в поддержке. Позже он с небольшим отрядом принял участие в обороне замка Неокастро у Наварина, сдал его по договору и попал на британском корабле в Каламату, где встретил Папафлесса перед последним боем в Маниаке.
Вернувшись в Триполи, он столкнулся с мятежом своих солдат, требовавших выплаты за оставленное в Неокастро вооружение. Макригианнис оплатил их из собственного кармана, после чего отправился в Нафплион, но правительство снова потребовало его вернуться в Триполи для обороны города от наступающих войск Ибрагима. По пути он узнал, что Триполи уже захвачена.
